Alita, Makaku'ya karşı çetin savaşın ardından, Yugo adında bir gençle tanışır. Bu
gençle beklenmedik bir şekilde anlaşan Alita, hayatında hiç tatmadığı duyguları
tatmaya başlayacaktır. Bu sırada sayborgların omurgalarını çalıp satan bir çete
ortaya çıkar. Zapan adlı kelle avcısı ise intikam arzusuyla kafayı Alita'ya
takmıştır. Hiç istemediği halde kendini yine art arda gelen sürprizlerin ortasında bulan Alita, bir yandan Zapan'la uğraşırken, bir yandan da tanıştığı gizemli
gencin geçmişte neler yaşadığını öğrenmeye çalışır.